反恐精英生化危机的来历与《生化危机》系列游戏紧密相关。该游戏系列最初的故事背景设定在1998年，但实际上，整个系列剧情的起源可以追溯到1960年。当时，一个欧洲的世袭贵族家庭阿什福德的第五代继承人爱德华·阿什福德与他的大学同学奥斯威尔·斯宾塞在非洲旅行时，发现了一种名为“太阳阶梯”的花朵，其花粉中含有能够破坏人体DNA的毒素。两人将这种病毒命名为始祖病毒。
随后，爱德华请教了他的病毒学教授詹姆斯·马库斯，马库斯对始祖病毒的研究提供了重要意见。斯宾塞野心勃勃，在《生化危机1》的洋馆建成后，诱骗洋馆的建筑师乔治一家三口成为首例残忍的人体试验品。之后，斯宾塞在始祖病毒的研究过程中害死了爱德华和马库斯，并创立了安布雷拉集团，该集团实际上从事生化武器的研究。
1988年，马库斯在研究T病毒时达到了一个新阶段，即水蛭病毒，但不幸被斯宾塞害死，并与水蛭病毒融合，进入了长达10年的休眠期。同年，威廉·伯金成功研制出强大的生体武器暴君，并开始了对G病毒的研究。
1992年，安布雷拉开始逐渐掌控浣熊市，并将其作为重点研究基地，同时买通了当地警察，将囚犯送到实验室进行实验。警察局内的特殊战术与救援部队STARS也被安布雷拉所掌控。
在CSOL（反恐精英Online）的世界中，生化危机的起源则是从T阵营袭击生化研究院开始。T阵营得知生化研究院正在秘密研制具有极强攻击性的生化兵器后，决定前往炸毁研究院。CT阵营接到线报后紧急出动，双方在研究院内展开激战。由于C4炸弹被不慎引爆，爆炸导致双方部分人员掉落到了B1区域，这里曾是实体生化实验的场所。由于实验失败，所有用于实验的生命物种被封存，但爆炸震动导致这些神秘物种苏醒，成为被称为感染者的僵尸。T阵营和CT阵营不得不放下恩怨，共同迎击全人类的敌人。经过浴血奋战，两队成功逃脱，但潘多拉的魔盒已被打开，生化危机逐渐向全球蔓延。
这些故事共同构成了《生化危机》系列和CSOL中生化危机的来历。
